程序管理文件是实验室管理的重要部分，本系统提供了全过程管理，对于程序文件的申请、审批过程进行了管理。常见的文件的过程管理如下：
（1）质量监督计划表
（2）质量监督记录表
（3）人员培训计划
（4）人员培训记录
（5）安全检查表
（6）年度样品室卫生监督计划表
（7）仪器设备验收表
（8）仪器设备维护计划
（9）仪器设备维护保养记录
（10）仪器维修记录
（11）仪器检定(校准)计划表
（12）仪器检定(校准)证书的确认
（13）仪器设备、标准物质期间核查计划
（14）仪器设备、标准物质期间核查报告
（15）电子天平期间核查
（16）体系文件修改申请单
（17）体系文件修改通知单。
（18）合同评审记录表
（19）允许偏离程序或标准规范审批表
（20）检验检测异常现象处理报告
（21）服务和供应商评定记录表
（22）申诉、投诉受理登记
（23）纠正预防措施跟踪记录
（24）年度内部审核计划
（25）内部审核实施计划表
（26）内部审核会议签到表。
（27）内部审核检查表
（28）内部审核不符合项分布表
（29）不符合项及纠正措施跟踪单
（30）内部审核结论
（31）内部审核报告
（32）年度管理评审计划
（33）管理评审实施计划
（34）管理评审报告。
（35）标准查新记录表
（36）作废标准审批表
（37）检验方法及检验能力确认表
（38）不确定度结果应用审批表
（39）检验检测结果质量控制计划
（40）检验检测结果质量控制记录
（41）检验检测报告、原始记录质量审查差错率统计表
（42）风险识别评估表
（43）风险控制清单